Polskie Towarzystwo Seksuologii Medycznej powstało z inicjatywy lekarzy tworzących Komitet Założycielski na początku kwietnia 2004 roku. Skupia wyłącznie lekarzy specjalistów seksuologii, oraz lekarzy innych specjalności o uznanym dorobku naukowym i zawodowym, którzy w swej codziennej pracy zajmują się pacjentami z problemami w życiu seksualnym.
PTSM już w 2005 roku uzyskało afiliację Europejskiego Towarzystwa Medycyny Seksualnej.
PTSM współpracuje z Polskim Towarzystwem Seksuologicznym oraz Polskim Towarzystwem Urologicznym.